No documento, a que o CM teve acesso, o CNE critica algumas das propostas ministeriais. No que respeita ao governo das instituições, o CNE considera que “poderá haver um órgão, separado do Senado, mas com algumas funções de estratégia e controlo, ao contrário da solução apresentada pelo MCTES”. O CNE propõe que às universidades e politécnicos seja deixada “a liberdade de definir a composição dos seus órgãos”. Quanto à proposta de as instituições poderem adoptar o modelo de fundação, o CNE levanta dúvidas em relação ao sector público, pois “não existem fundações sem património”. Em relação à rede privada, “o modelo seria apropriado, por exigir património, sustentabilidade financeira e fidelidade aos fins institucionais”.Na apreciação, o CNE considera “essencial que o valor real da propina [custo de cada estudante] seja do conhecimento da generalidade dos cidadãos”.